Aktivnosti u Službi zdravstvene ekologije zauzimaju vrlo važno mjesto u sustavu NZZJZ SDŽ,  jer uključuju provođenje mjera zaštite zdravlja ljudi u svezi s čimbenicima okoliša s potencijalno štetnim djelovanjem.
Osnovne zadaće se odnose na praćenje, ocjenjivanje, prevenciju i korekciju čimbenika okoliša.

S tim u vezi u Službi se provode slijedeće aktivnosti:
• praćenje, proučavanje i ocjenjivanje zdravstvene ispravnosti pitke vode, kakvoće otpadnih, površinskih i voda za rekreaciju, posebno kakvoće morske vode na 144 mjerne točke u SDŽ, i stanja vodoopskrbe na području vodoopskrbnih sustava u splitsko dalmatinskoj županiji
• praćenje kakvoće zraka na više mjernih postaja i određivanje taložne tvari u svezi s zdravstvenim rizicima za  pučanstvo SDŽ
• ocjenjivanje zdravstvene ispravnosti namirnica i predmeta opće uporabe
• analize i procjene razine alergena 
• mjerenje buke i izrada preglednika buke po jedinicama lokakne samouprave u SDŽ
• toksikološke analize s izdavanjem nalaza

Djelatnici Službe stručno suportiraju nadležne odjeljke lokalnih samouprava i napose osnivača splitsko dalmatinsku županiju, te po potrebi podnose izvješća iz svog djelokruga pred predstavničkim tijelima građana, kao i u svim raspravama tijekom kojih se usuglašavaju javno zdravstveni stavovi zajednice.
Stručnjaci Službe zdravstvene ekologije sudjeluju u nastavi Medicinskog fakulteta u Splitu, kao i u znanstveno istraživačkim projektima od interesa za Zavod, te u ostvarivanju temelnjih zadaća NZZJZ SDŽ djeluju komplementarno sa stručnim suradnicima iz zavodskih službi epidemiologije, mikrobiologije i prevencije ovisnosti.