Bolesti dišnoga sustava uzrokuje više od 500 različitih vrsta mikroorganizama. To su najčešće virusi (u oko 90% slučajeva). Velik broj tih infekcija ne iziskuje mikrobiološku
dijagnostiku, a liječenje je simptomatsko. Usprkos tomu, kod nas se 70% peroralnih oblika antibiotika troši za liječenje akutnih respiratornih infekcija, što dovodi do razvitka rezistencije na antibiotike i brojnih drugih nuspojava takva liječenja.
Postoje, međutim, kliničke slike kod kojih je nemoguće razdvojiti virusnu od bakterijske etiologije i tu je mikrobiološka dijagnostika ne samo opravdana, nego i nužna, prije uvođenja etiološkoga (antimikrobnoga) liječenja (npr. akutni streptokokni faringitis).

Najveći broj materijala koji se obrađuju u NZZJZ SDŽ su uzorci iz gornjih dišnih putova. Najviše je obrisaka ždrijela, a zatim slijede uzorci iz nazofarinksa, nosa, i usne šupljine, te pretraga na Bordetella pertussis.
Najčešća uputna dijagnoza je akutni faringitis. Među izolatima iz obriska ždrijela je najčešći Streptococcus pyogenes, a u manjem broju i ostali ?-hemolitički streptokoki.
Zamjetan je značajan porast broja uzoraka u zimskim mjesecima, ali bez povećanja relativnoga broja «pozitivnih nalaza». Za pretpostaviti je kako se etiološkim liječenjem nakon dobivenih nalaza izbjegavaju mnoge neželjene posljedice nepotrebne upotrebe antibiotika.

Od uzoraka za bakteriološku dijagnostiku infekcija donjih dišnih putova iskašljaj je jedini neinvazivni uzorak koji se obrađuje u laboratoriju NZZJZ-a. Invazivni uzorci (aspirat bronha, bronhoalveolarni lavat, te intraoperativni i ostali uzorci),koji imaju dobru osjetljivost, u Splitu se obrađuju na Odjeluza kliničku mikrobiologiju KB Split. Pretraga iskašljaja ima osjetljivost od samo oko 60%, a u svrhu njenoga povećanja preporučljivo je 3 puta ponoviti uzorkovanje. Kod laboratorijske obrade iskašljaja najprije se napravi Gram preparat, kojim se odredi je li uzorak adekvatan (iz donjih dišnih putova), a od svih uzoraka koji se obrade u NZZJZ SDŽ, nešto više od 40% izda se kao «neadekvatan uzorak».
Najčešći izolati bili su: Pseudomonas species, Haemophilus influenzae, Moraxella catarrhalis, Streptococcus pneumoniae i enterobakterije. Relativno velik broj pseudomonasa upućuje na zaključak kako se kod značajnoga broja izvanbolničkih pacijenata, radi o kroničnim promjenama na plućima.