Infekcije mokraćnog sustava spadaju među najčešće infekcije kod ambulantnih bolesnika. Urin je najčešći uzorak koji dolazi u mikrobiološki laboratorij. Godišnje se u NZZJZ SDŽ
obavi preko 50 000 bakterioloških analiza urina, s tendencijom porasta broja.

Tradicija bakteriološke analize urina traje praktički od osnutka Zavoda.
Mikrobiološka obrada urina se obavlja na uređaju UroQuick (Alifax, Italija), tako da je oko 90% nalaza gotovo slijedeći dan nakon donošenja urina u laboratorij.
Najčešći razlozi zbog kojeg liječnici indiciraju bakteriološku pretragu urina su pomoć u izboru antibiotika za liječenje izoliranog uzročnika, što dovodi do skraćivanja trajanja bolesti i smanjivanja nastanka komplikacija i infekcija gornjega dijela mokraćnoga sustava. Uobičajeno je da se infekcije mokraćnog sustava liječe empirijski izabranim antibiotikom, no u tom slučaju je važno poznavati lokalnu situaciju otpornosti najčešćih uzročnika uroinfekcija na antibiotike.
U Zavodu se sustavno prikupljaju podatci o bakterijama uzročnicima infekcija i o njihovoj otpornosti na antibiotike.
Podatci NZZJZ su uključeni u godišnje izvješće "Rezistencija bakterija na antibiotike u RH" koje svake godine izdaje Akademija medicinskih znanosti Hrvatske, a publicirani su i u vodećim mikrobiološkim časopisima i prikazani na kongresima diljem Europe.
Vodeći uzročnici infekcija mokraćnog sustava na našem području su Escherichia coli (oko 60%), enterokoki (oko 10%), Klebsiella spp. (oko 10%) i Proteus mirabilis (oko 5%).
Otpornost bakterija na antibiotike je dinamičan parametar i mijenja se u vremenu, jer zbog sve češće primjene antibiotika bakterije postaju sve otpornije na najčešće primjenjivane
antibiotike u liječenju infekcija mokraćnog sustava. Kod naših je bolesnika uočljiva visoka otpornost E. coli na amoksicilin i kombinaciju sulfametoksazol/trimetoprim, dok se otpornost na kinolone iz godine u godinu povećava.